«La región de Analamanga (bajo la cual se encuentra la capital) está volviendo al cierre total», dijo la presidencia en un comunicado.
No se permitirá el tráfico dentro o fuera de la región a partir del lunes hasta el 20 de julio.
Se impondrá un estricto toque de queda al movimiento de la calle por parte de las personas.
«Solo una persona por hogar puede salir a la calle entre las 6:00 am (0400 GMT) y las 12:00 pm (1000 GMT)», dice el comunicado.
Las medidas se han tomado «debido a la propagación de la epidemia y al aumento de los casos de COVID-19», agregó.
Acostumbrada a registrar docenas de casos de coronavirus por día, Madagascar ha visto en los últimos días un aumento exponencial en los números diarios, saltando a un récord de 216 casos el sábado.
El último recuento se produjo después de que 675 personas fueron evaluadas.
Hasta la fecha, se han realizado casi 24,000 pruebas en la isla empobrecida.
Para el domingo, el país tenía 2.728 casos acumulados, incluidas 29 muertes desde que el virus se detectó por primera vez en la isla del océano Índico el 20 de marzo.
Todas las reuniones gubernamentales ahora se llevarán a cabo a través de videoconferencia, mientras que las audiencias judiciales se han suspendido.
En abril, el presidente Andry Rajoelina lanzó una mezcla local de hierbas que, según él, previene y cura el nuevo coronavirus.
Rajoelina ha estado promoviendo la cerveza para la exportación, diciendo que es el «oro verde» del país el que «cambiará la historia».
Ningún estudio científico ha validado los beneficios potenciales de Covid-Organics, un tónico derivado de la artemisia, una planta con eficacia comprobada en el tratamiento de la malaria, y otras hierbas autóctonas.